[bredych]

наиболее корректный способ установки сертификата - именно через certutil?
Или через certmgr?
или как-то еще?

напр, видел решения типа
certutil -addstore "CA" "C:\Certs\Сертификат.cer"
(С)

certmgr.exe /c /add my_cert.cer /s root
certutil -f -addstore CA <file_with_extension_and_complete_path>
certmgr.exe -add "Path\To\Cert\MyCertificate.cer" -s -trustedpublisher
(С)

certmgr [/add | /del | /put] [options]
[/s[/r registryLocation]] [sourceStorename]
[/s[/r registryLocation]] [destinationStorename]
(С)

или вообще длинные скрипты, неясно зачем

если первое решение работает нормально, для чего более сложные? Или там некие неочевидные нюансы?