[Sham]

А в какой ветке прописываете - * или directory? Вызов из реестра вроде бы не меняет текущую директорию. Какой-нибудь cd /d "%V" надо вручную прописать либо в реестре с командой типа "cmd.exe /c (cd /d "%V" && script.bat)", либо передать %V в качестве параметра скрипту, в котором это будет %1