[Petya V4sechkin]

надпись "Добро пожаловать" с кольцевым индикатором, который долго крутится. Затем пускает, наконец, на рабочий стол, но ярлыков нет, иконок в трее тоже нет, есть только панель задач, но она ни на что не реагирует. Однако диспетчер задач через Ctrl + Shift + Escape вызвать все же можно.

Как один из вариантов, если какая-то служба долго висит в состоянии "Запускается" - посмотрите в services.msc во время зависания при загрузке системы.

в безопасном режиме все нормально, а значит, косяк 100% где-то на софтовом уровне

Либо какое-то устройство и драйвер.
Для эксперимента можно в Диспетчере устройств отключить веб-камеру.

например, копирование файлов и папок приводит к появлению окна копирования с нулевой скоростью, которое висит без движения где-то полминуты

Проверьте в стороннем файловом менеджере (Total Commander, Far Manager), есть ли подобные симптомы при копировании.