[megaloman]

Код:

@Echo Off
cls
	Set "BoxIn=Z:\Logs"
	Set "Log=*.txt"
	Set "KeyWord=files not found"

	FOR /F "usebackq skip=1 delims=" %%d IN (`2^>nul Dir "%BoxIn%" /A:D /O:-D /T:C /B`) DO (
		FOR /F "usebackq delims=" %%f IN (`2^>nul Dir "%BoxIn%\%%d\%Log%" /A:-D /B`) DO (
			2>nul >"%BoxIn%\%%d\%%f.tmp" (More "%BoxIn%\%%d\%%f"|Find /I /V "%KeyWord%")
			>nul Move /Y "%BoxIn%\%%d\%%f.tmp"  "%BoxIn%\%%d\%%f"
		)
		GoTo :End
	)
:End
pause
Exit /B

Путь укажИте свой
Если исходные файлы оставим без изменений. Получаем суммарный файл.

Код:

@Echo Off
cls
	Set "BoxIn=Z:\Logs"
	Set "Log=*.txt"
	Set "KeyWord=files not found"

	FOR /F "usebackq skip=1 delims=" %%d IN (`2^>nul Dir "%BoxIn%" /A:D /O:-D /T:C /B`) DO (
		cd.>"%BoxIn%\%%d\%%d.txt"
		FOR /F "usebackq delims=" %%f IN (`2^>nul Dir "%BoxIn%\%%d\%Log%" /A:-D /B /O:D /T:C`) DO (
			2>nul >>"%BoxIn%\%%d\%%d.txt" (More "%BoxIn%\%%d\%%f"|Find /I /V "%KeyWord%")
		)
		GoTo :End
	)
:End
pause
Exit /B