Всем большое спасибо!
Рекомендации помогли. Для потомков оставляю готовое решение, как вернуть уведомления в случае, если их выключили, а приложения в списке нет.
Сценарий Powershell:
Код:

###Включение отключённых уведомлений. Автор: Robert Polenius Andersson, модифицировал teodorrrro@gmail.com
###Сценарий включит уведомления любого приложения, использующего Windows Notification framework
###Требования: модуль powershell PSSQLite
try{
#скачиваем и устанавливаем менеджер пакетов, который установит нам модуль PSSQLite
Install-PackageProvider -Name NuGet -MinimumVersion 2.8.5.201 -Force
#устанавливаем модуль powershell PSSQLite
Install-Module -Name PSSQLite -Force
##Работа с БД
#Импортируем модуль SQLite
Import-Module PSSQLite
#Устанавливаем переменную DBPath
$DatabasePath = "$env:LOCALAPPDATA\Microsoft\Windows\Notifications\wpndatabase.db"
#Определяем запрос выборки (!! имя приложения смотрим в реестре в разделе HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Notifications\Settings)
$SelectQuery = "
SELECT HS.HandlerId, HS.SettingKey, HS.Value
FROM NotificationHandler AS NH
INNER JOIN HandlerSettings AS HS ON NH.RecordId = HS.HandlerID
WHERE NH.PrimaryId LIKE '%ИМЯ_ПРИЛОЖЕНИЯ'
AND HS.SettingKey = 's:toast'
"
#Инициируем запрос выборки
$NotificationSettings = Invoke-SqliteQuery -DataSource $DatabasePath -Query $SelectQuery
#Если настройка уведомлений в БД неверна
if($NotificationSettings.Value -ne 1){
#Создаем запрос на обновление БД
$UpdateQuery = "
UPDATE HandlerSettings
SET Value = 1
WHERE HandlerId = '$($NotificationSettings.HandlerId)' AND SettingKey = 's:toast'
"
#Инициируем запрос на обновление БД
Invoke-SqliteQuery -DataSource $DatabasePath -Query $UpdateQuery
}
##Работа с реестром
#Определяем путь в реестре для приложения
$RegistryPath = (Get-ChildItem -Recurse -Path "HKCU:\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Notifications\Settings" | Where-Object -Property Name -Like '*ИМЯ_ПРИЛОЖЕНИЯ*' | Select-Object -ExpandProperty Name).Replace('HKEY_CURRENT_USER','HKCU:')
#Получаем текущее значение Enabled
$Enabled = Get-ItemProperty -Path $RegistryPath -Name "Enabled" | Select-Object -ExpandProperty Enabled
#Если значение неверное
if($Enabled -ne 1){
#Обновляем реестр
Set-ItemProperty -Path $RegistryPath -Name "Enabled" -Value 1 -Force
}
#Если всё ок, возвращаем консоли ноль
return 0
}catch{
#Если ошибка, пишем лог в папку пользователя и возвращаем ошибку
$LogFile = "$env:LOCALAPPDATA\restored_Notifications.log"
if(!(Test-Path $LogFile -ErrorAction SilentlyContinue)){
New-Item -Path $LogFile
}
"$(Get-Date) | Сценарий исправления | Ошибка: $($_)" | Out-File $LogFile -Append
return $_
}
И батник для запуска:
Код:

@echo off
REM Разрешаем запуск сценариев Powershell в операционной системе
powershell Set-ExecutionPolicy RemoteSigned
REM Запускаем сценарий, исцеляющий уведомления (проверяем имя файла!)
powershell -file restore_app_notifications.ps1
pause
По окончании работы сценария уведомления начнут работать сразу, перезагрузки и выхода из системы не потребуется.