[Anton04]

Можно ли как-то добавить сертификат для RDP, чтобы при подсоединении к серверу он не ругался »

Не понятно кто и на что ругается? Если клиент подсоединяется к серверу, то "ругается клинский ПК, а не серверный.

ну и для лучшей безопасности? »

Непонятно, как самоподписной сертификат должен усиливать безопасность?
Если вы не поняли, то сертификат создаётся в оснастке сервера и подписывается своей же подписью, а клиент эту подпись проверить не сможет потому как нету центра сертификации который эту подпись сделал. Поэтому и называется самоподписной сертификат.

По моему у Вас каша в голове. Нужно почитать что-то из основ по сертификатам.