[Anton04]

Они важны для групповых политики, так как там хранятся скрипты? и тому подобное? »

Обычно там хранятся сами групповые политики и всё что с ними связано, т.к. любой ПК в домене должен считать указанную ему политику и применить её.

Или они в принципе важны для групповых политик вне зависимости от использования скриптов/общих файлов? »

Да, данная директория важна для всех ПК в домене, не зависимо от намерений или роли данного ПК в домене.

Да действительно dcdiag дает код ошибки 0x00000422 »

Чините,

Вот на затравку.

Восстановление дерева SYSVOL и его содержимого в домене
Переход на репликацию SYSVOL по DFS

P.S.В крайнем случае у Вас есть всегда возможность понизить проблемный сервер до рядового, переустановить Windows и заново его поднять до уровня контроллера домена.