[YuS_2]

PS, не нативные утилиты ОС запрещены (ИБ). »

ИБ у вас своеобразная...
нативный PS запрещен, не нативные утилиты запрещены... а скачивание левых скриптов, для запуска нативным VBS, не запрещено... "железная логика" безопасности...
1. Если Вы админ, то, наверное, найдете способ запуска VBS без консольного окна... если иначе, то Вы работаете не на своем месте, уж извините за прямоту.
2. Если Вы пользователь, ищущий способ обхода запретов (ИБ), то правилами данного форума запрещено обсуждение взлома.

Но как я понял из документации wscript и cscript нельзя вызвать и передать им на вход набор команд. »

Вы неправильно поняли.
Подсказка:

Код:

WScript имя_сценария.расширение [параметры...] [аргументы...]

То бишь, после имени сценария могут указываться параметры/аргументы. Никто не мешает указать в качестве параметра/аргумента имя сценария CMD.