[megaloman]

Первый код ставит на удаление: Содержимое папки C:\Users\User\Desktop\TheBatPortable\Data\Mail\ХХХ@MAIL.RU\IMAP т.е. не ту папку (IMAP). »

Этого не может быть, там жестко прописаны 3 подпапки в папках xxx@mail.ru
Подозреваю, у Вас имеются скрытые папки и/или файлы. Попробуйте вариант:
Если надо чистить только три подпапки: Outbox, Sent, Trash

Код:

@Echo Off
cls
>nul chcp 1251
	If Not "%~1"=="" Call :MyDel "%~1" "*.*" &Exit /B 0
	Set "BoxIn=C:\Users\User\Desktop\TheBatPortable\Data\Mail"
	For /f "usebackq delims=" %%d In (`2^>nul Dir "%BoxIn%\*@mail.ru" /B /S /A:D`) Do (
		Call :MyDel "%%d\Outbox\" "*.*" ||Exit /B 0
		Call :MyDel "%%d\Sent\" "*.*"   ||Exit /B 0
		Call :MyDel "%%d\Trash\" "*.*"  ||Exit /B 0
	)
Exit /B 0

:MyDel
cls
	If Not Exist "%~1%~2" (Echo ??? Files "%~1%~2" not Found &Pause &Exit /B 0) 
	Dir /W /A:-D "%~1%~2"

	Echo. &Echo Эти файлы будут удалены "%~1%~2" &Echo. 
	Choice /N /C YNX /M "N -Не удалять файлы; Y -Удалить файлы; X -Завершение работы >"
	If %ErrorLevel% EQU 3 Exit /B 2
	If %ErrorLevel% EQU 2 Exit /B 0
	Del /Q /A:R /A:-D "%~1%~2"
Exit /B 0

Если все подпапки папок ХХХ@MAIL.RU

Код:

@Echo Off
cls
>nul chcp 1251
	
	If Not "%~1"=="" Call :MyDel "%~1" "*.*" &Exit /B 0
	Set "BoxIn=C:\Users\User\Desktop\TheBatPortable\Data\Mail"
	For /f "usebackq delims=" %%d In (`2^>nul Dir "%BoxIn%\*@mail.ru" /B /S /A:D`) Do (
		For /f "usebackq delims=" %%s In (`2^>nul Dir "%%d" /B /A:D`) Do (
			Call :MyDel "%%d\%%s\" "*.*" ||Exit /B 0
		)
	)
Exit /B 0

Если будут проблемы, проделайте в командном окне команду

Код:

>C:\dir.txt 2>&1 dir /A:D /S /B "C:\Users\User\Desktop\TheBatPortable\Data\Mail"

, файл C:\dir.txt приложите к сообщению