[Jula0071]

В общем, на одном из дисков появились бэды. Запустил сканирование ... и всё. »

Extended SMART self-test на больших дисках может длиться много часов, 10 и больше. Индикаторы что показывают?

Как теперь действовать правильно чтобы не запороть всё? »

Если хотя бы один диск жив, то инфа останется в целости, там внутри обычный LVM c ext4 или какой ещё линуксовой фс. Подкинуть диск к пк с линуксом и слить инфу дело плёвое.

Почему при RAID 1 не только не читается содержимое с оставшегося живого диска, но даже интерфейс тормозил и в конце вообще всё легло? »

Потому что висит куча потоков iowait, load average улетел в небеса, всё тормозит. Если у вас активирован доступ по SSH, можете сами попробовать посмотреть.