[NickM]

Выключили сервер, достали жесткий диск, вставили его обратно, система перестала загружаться, »

Хмм, что-то не похоже на правду - на обесточенном оборудовании это безопасная операция;

в View Drive один жесткий горел как Unconfigure Bad, перевели его в Good »

На каком этапе выполняли эту операцию, и в чем состоял смысл этой операции, если Вы накопитель не меняли;

по идее RAID10 но это не точно »

Не зная конфигурации за дело лучше не браться;

после чего выяснилось что в загрузках, пропал виртуальный диск, с которого должна запускаться система, в чем может быть проблемка »

Вы имеете ввиду загрузочный том?
Ну так Вы рэйд развалили в этом и есть причина;

Так-же при загрузку конфигурации RAID пишет якобы конфиг отличается и не загружает его. »

Вот с этим и следует разбираться, но для начала конечно же Вам следует выяснить какая конфигурация у Вас была изначально, ну или сразу обратиться к специалистам, пока ещё хуже кашу не заварили.