[megaloman]

11wulf22, alpap, Применяю идею alpap (запускаем программу скриптом, ждем некоторое время, запускаем программу с ключами для её остановки), предполагаю недовольство 11wulf22: "а как теперь скрыть окно CMD?" и предлагаю vbs-скрипт.

Код:

PRG = "C:\Program Files\Wallpaper Engine\wallpaper64.exe"

With CreateObject("WScript.Shell")
    Ret = .Run("""" + PRG + """ ", 1, False)
    WScript.Sleep 60000     'Милисекунды задержки
    Ret = .Run("""" + PRG + """  -control stop " + """" + PRG + """", 1, False)
End With

Полноценно не тестировал из-за наличия отсутствия программы.

wallpaper64.exe -control stop "C:\Program Files\Wallpaper Engine\wallpaper64.exe" »

ИМХО, здесь один wallpaper64.exe лишний. Если это так, то выделенное красным
+ """" + PRG + """"
надо убрать.