[DJ Mogarych]

Powershell

Код:

$paths = dir 'E:\' -Recurse -Filter '*.exe' |? Directory -notmatch 'E:\\Programs' |sort Directory -Unique

$paths |% {
    if ($_.Directory.Parent.FullName -notin $paths.Directory.FullName) {
    mv "$($_.Directory.FullName)" "E:\Programs" -Force -Confirm:$false -WhatIf
    }
}

-WhatIf выдаёт список, если его убрать - будет реально переносить.