[freese]

А если будет - то сможет ли зараза добраться до, например, папки с архивными копиями, лежащей в облаке? »

у облаков нет прямой работы с файлами (а с офисными файлами только в рамках редакторов) экономят процессорное время, необходимы дополнительные манипуляции для шифрования, поэтому программисты для своих зловредов не особо заморачиваются с доступом к облакам

Если облако не будет подключено к компьютеру, как локальный диск, программа не сможет задать путь к приемнику данных в облаке. »

если яндекс не прикрыл лавочку с ftp, то проблем не вижу, тотже cobian умеет отправлять по ftp