[alpap]

можете мне по части дублей детальнее разъяснить?
если файл имеет одно и то же имя, то в следующий раз он или не будет копироваться или перепишет старый
если файл имеет другое имя, но равен такому же за прошлый день по содержимому и размеру, то вариантов несколько:
- можно гарантированно забирать старый файл раньше чем появится новый, тогда нужно точно знать временнЫе рамки появления файла и запуска bat
- можно забирать из папки самые новые по дате изменения файлы, если более старые не актуальны

очень слабое условие, много темных пятен:
-что за файлы, это архивы или просто какие-то файлы
-какая маска файлов, несколько вариантов имен файлов, есть ли дата в имени
-дубли одного и того же файла уже есть на сервере и нужно выбрать самый свежий
-как часто появляются файлы на сервере, чтобы понимать в какое время делать запуск bat раз в сутки из планировщика

попытаться настроить, т.к я не знаю как ухватиться за автоматическую подгрузку файлов »

это несложно, примерно такой bat запускать из планировщика:

Код:

@echo off
"C:\Program Files (x86)\WinSCP\WinSCP.com" ^
  /command ^
    "open sftp://?eg-user?:?passw?@?host?:?port?/ -hostkey=""ssh-ed...""" ^
    "cd /home/?eg-user?" ^
    "lcd C:\Users\?eg-user?\Desktop\1" ^
    "get file1.ext" ^
    "get file2.ext" ^
    "exit"
7z a "arch.zip" "C:\Users\?eg-user?\Desktop\1"
7z a "\\%ComputerName%\Backup\arch.zip" "C:\Users\?eg-user?\Desktop\1"
exit /b

можно сделать вообще синхронизацию
можно скачивать нужное по маске и отбирать свежее из скачанного относительно ее же

можно сделать какой-то индикатор? »

тоже неплохая идея, имеется ввиду что вы можете управлять именами файлов появляющихся (создавать) на сервере или маркировать скачанные?

в любом случае мало входящих данных.