[Busla]

Были проблемы с этой программой. »

особых проблем с ним нет, если понимать, что делаешь
там разное дэфолтное поведение в зависимости от версии и редакции: в профессиональной деятельности клонирование предполагается прямолинейным и однозначным;
а домашние пользователи предпочитают переразметку диска с генерированием новых id, копирование данных и магию, которая сама поправит загрузчик

то же самое касается и других программ