[Elven]

Опять костылесипеды... Есть же GPO, ну или ansible, если так уж хочется. Лично я склоняюсь к GPO, особенно учитывая что для zabbix агента есть msi.
Если строго по теме топика то проверить наличие процесса можно через tasklist:

Код:

tasklist /FI "imagename eq zabbix-agent.exe"

не знаю какое имя у процесса, поменять на правильное думаю понятно что нужно.
проверить наличие папки/файла и скопировать/создать можно приблизительно так:

Код:

if not exist "c:/zabbix" md "c:/zabbix" 
if not exist "c:/zabbix/zabbix-agentd.exe" xcopy -Y -Q "\\server1\folder\zabbix\zabbix-agentd.exe" "c:/zabbix/zabbix-agentd.exe"
if not exist "c:/zabbix/zabbix_agentd.win.conf" xcopy -Y -Q "\\server1\folder\zabbix\zabbix_agentd.win.conf" "c:/zabbix/zabbix_agentd.win.conf"
if not exist "c:/zabbix/zabbix_install.bat" xcopy -Y -Q "\\server1\folder\zabbix\zabbix_install.bat" "c:/zabbix/zabbix_install.bat"

синтаксис и ключи нужно проверять/править, т.к. писал по памяти (лень виртуалку запускать).