[megaloman]

Код:

@Echo Off 
Set "BoxIn=D:\DXF"
Set "TxtFile=D:\DXF\TxtFile.txt"
FOR /F "usebackq delims=" %%f IN ("%TxtFile%") DO 1>nul 2>&1 Xcopy /D /F "%BoxIn%\%%~nxf" "%%~dpf"

Как я понимаю задачу

D:\Output\D60\LBD6003U0.dxf D:\Output\D60\D45\LXD6003U0.dxf D:\Output\D60\LBD6003U1.dxf D:\Output\D60\D45\LXD6003U1.dxf D:\Output\D60\LBD6003U2.dxf D:\Output\D60\D45\LXD6003U2.dxf D:\Output\D61\LBD6003U3.dxf D:\Output\D61\D45\LXD6003U3.dxf D:\Output\D61\LBD6003U3.dxf D:\Output\D61\D45\LXD6003U3.dxf D:\Output\D61\LBD6003U3.dxf D:\Output\D61\D45\LXD6003U3.dxf D:\Output\D61\LBD6003U0.dxf D:\Output\D61\D45\LXD6003U0.dxf D:\Output\D61\LBD6003U1.dxf D:\Output\D61\D45\LXD6003U1.dxf D:\Output\D61\LBD6003U2.dxf D:\Output\D61\D45\LXD6003U2.dxf

D:\DXF\LBD6003U0.dxf D:\DXF\LBD6003U1.dxf D:\DXF\LBD6003U2.dxf D:\DXF\LXD6003U0.dxf D:\DXF\LXD6003U1.dxf D:\DXF\LXD6003U2.dxf D:\DXF\TxtFile.txt

Единственное я оттелепатил, что надо копировать только более новые файлы (/D в Xcopy)