[Busla]

Нужны физические дискеты »

они до сих пор продаются :-)

Может ли магнит вред дискете »

да

То есть другие программы, форматирующие при неисправной нулевой дорожке? »

кажется, был ещё вариант очумелых ручек - разобрать дискету и перевернуть диск

Передать файлы можно и по LPT или COM интерфейсу, но тогда соответствующие программы должны уже быть на этом HDD. »

на счёт COM - хорошая идея, в большинстве случаев доступная "из коробки"