[dislike]

То есть вы имеет ввиду, что с Acronis True Image и воткнутым старым HDD в салазки DVD, также воткнутым SSD на матплату где сейчас HDD - у меня не получится напрямую копировать системные папки в SSD? »

Насколько я знаю, Acronis True Image умеет делать ровно две функции - создавать образ раздела физического диска (файл архив в формате tib) и восстанавливать раздел из файла архива tib обратно на физический диск с подменой старого диска на новый. В этом и заключается процесс переноса системы с одного диска на другой. Функцию копирования на лету я там не встречал, возможно не достаточно въедливо искал, да оно и не надо было. Иметь промежуточный архив в любом случае нужно и полезно, мало ли когда пригодится ещё раз восстановить поломаную систему. Настоятельно советую делать образ всего раздела C целиком, не ковыряя каждую папку по отдельности. Так вы минимизируете возможные проблемы и ошибки, как свои и так и системные.
Даже если вы пойдете через клонирование диска, а не через архивы, то диск клонируется тоже разделами. Никаких отдельных папок, забудьте про них.

Но потом как? »

Как потом вам уже два раза объяснили. Включите глаза и читайте выше. Уже поднадоедает по третьему разу одно и то же разжевывать. В чем проблема-то? Вы боитесь слово "раздел", папки - ваш потолок возможностей? Напрасно, там нет ничего сверхсложного, всё элементарно.