[paranoya]

в таком случае при входе на файл-сервер пользователи будут передавать свои доменные пароли этому линуксовому серверу, а тот в свою очередь будет их проверять по LDAPs »

А может на КД будет передаваться хеш пароля введённого на Линуксе и КД уже будет сравнивать два хеша, после чего говорить линуксовому сервер, что пароль верный или нет?

Ну эти пароли не в открытом же виде передаются? Или я ошибаюсь? »

Пароли не хранятся в открытом виде, только их хеши.