[Busla]

Есть HDD с тремя дисками C, D, E. »

диск - это устройство HDD
а у вас на нём разделы, которым присвоены буквы C, D, E, и с очень большой вероятность, есть ещё один или два раздела, которым буквы не присвоены

Для клонирования вам понадобится сторонняя утилита. Из популярных бесплатных это:
Macrium Reflect Free Edition
AOMEI Partition Assistant Standard
EaseUS Todo Backup Free
MiniTool Partition Wizard Free

Устанавливаете, создаёте загрузочный диск/флешку.
Грузитесь с неё, клонируете. Скрытые разделы как есть. Известные вам как C, D, E (они не будут подписаны этими буквами) - можно/нужно с изменением размера, иначе потом "растянуть" сможете только последний.

Важно: одновременно старый диск и новый клон в системе работать не будут!

Я бы вам посоветовал использовать один большой раздел. Т.е. при клопировании сделать максимально большой C, после клонирования на него перетащить содержимое D и E, разделы удалить, на освободившееся место растянуть C.