[Jula0071]

В спецификации к материнке указано, что режимы работы двух слотов PCIE 16-4, 8-8 нет »

Ну, вы не указали материнку, а обычно, когда есть два слота x16, их режимы 16-0 и 8-8 линий.

Хотя, если все же взять процессор со встройкой, то в этом случае тоже все корректно сработает? »

Зависит от материнки/биоса. Иногда можно использовать iGPU совместно с дискреткой, иногда нет – iGPU принудительно отключается при наличии дискретки. Иногда можно и так, и этак.