[SergOst]

fdisk /mbr нужно запускать именно из-под ДОСа, а "чистый дос" и имелась ввиду загрузка с аварийной дискеты или ди

Эта фраза ничего не прояснила.
Что Вы имели в виду под "аварийной дискетой" загрузочный диск win98, который записывается через значок в панели управления или загрузочный диск MSDOS 6.22, которому про win98 еще неизвестно, но MSDOSу неизвестен еще FAT32 и диск он наверно испортит.
Что Вы имели в виду под "именно из-под ДОСа":
Случай а) загружаю win98 как он у меня загружается в обычном граф. режиме(т.е. использует системные каталоги на С диске, а загрузочный сектор на Д диске), затем запускаю Программы-Стандартные-MSDOS и в черном окне набираю свою команду fdisk /mbr
Случай б)загружаю win98 c загрузочной дискеты win98 до командной строки a\>, т.е. не до конца и в черном экране набираю свою команду fdisk /mbr
Случай в)загружаю win98 без дискеты, но при загрузке прижимаю F6 и в появившемся списке режимов загрузки выбираю Командную строку. А в ней набираю уже свою команду.

я думаю, что не надо вам fdisk вообще

IMHO sys записывает io.sys, msdos.sys, command.com, а эти файлы у меня на С диске уже есть и они такой же версии, что и на диске D.