[megaloman]

Похоже, что эта строка лишняя

нет. Он вместо Вашей старой строки. Отличие- пути файлов задаются переменными. Если захотите перенести батник на другую машину или настроить для других путей - измените их в начале батника, а не в строке с архиватором.

Я правильно понимаю, что теперь файл ftp.txt не нужен

не совсем. Этот файл делает батник каждый раз при работе, а потом на него он же ссылается. Руками этот файл делать не надо, батник его всё равно перепишет. Надо в батнике его правильно написать (пароли, явки и т д). %File% - не трогать, это имя последнего файла.
После работы батника можете его ручками открыть и посмотреть, что там внутри.
Кстати, его можно, в принципе, в батнике же и убить после отработки ftp.

Код:

Del "%Fftp%"