[Iska]

в примере выше мы обращаемся к папке на сетевом диске "X:\folder" »

Я этого не вижу по коду. Я вижу некую переменную окружения folder с неизвестным значением.

После смены уровня папок »

Как Вы это делаете? Опять же, кода нет, гадать желания тоже нет.

и добавления в DIR ключа /S, поиск прекращается, файлы не найдены. »

Поиск не прекращается, файлы найдены. Но при использовании параметра /s совместно с параметром /b — возвращаются уже не имена файлов, а полные пути. Соответственно, нет никакого смысла пытаться их сортировать командой sort.exe.

Попробуйте описать Вашу задачу, а не уже выбранный способ её решения.