[megaloman]

Вот CMD. Пустые строки съест. VBS работает намного быстрее, но пустые строки сохраняет. Конкретно требований насчёт пустых строк не было. И концевых пробелов тоже

Код:

@Echo Off
	Call :ReMove "Z:\Box_In\*.AF1" "Z:\Box_Out1" "MIX" " ]" "]"
	Call :ReMove "Z:\Box_In\*.AX1" "Z:\Box_Out2" "MIX" " ]" "]"
Exit /B

:ReMove
	For %%f In (%1) Do (
		>"%~2\%%~nf.%~3" (FOR /F "usebackq delims=" %%s IN (`2^>nul More "%%f"`) DO (
			Call :Replace "%%s" %4 %5
		))
		If Exist "%~2\%%~nf.%~3" Del "%%f"
	)
Exit /B

:Replace
	Set "SS=%~1"
	:Begin
		Set "SSS=%SS%"
		Call Set "SS=%%SS:%~2=%~3%%"
	If /I Not "%SSS%"=="%SS%" GoTo :Begin
	Echo %SS%
Exit /B