[Дмитрий Т]

Попробуйте просто в программа для клонирования перенести систему с диска на SSD Парагон программа хорошо переносит. Если нужна старая система. Если не нужна, то вообще не понятно в чём проблема у вас, раз поставили новую систему, грузитесь с SSD, второй диск должен быть виден в проводнике.
Возможно у вас в биосе приоритет загрузки всё таки не правильно выставлен, первым стоит диск, вот и не грузит с SSD когда они вместе.
Попробуйте при загрузке вызвать меню загрузки и там уже именно SSD выбрать для загрузки. Какая именно у вас клавиша не знаю, прочитайте когда грузит систему. Бывают F8, F9, F11, F12,