[YuS_2]

в самом файле нет этих символов, они именно если запускать батник появляются »

Это так называемый BOM, маркер последовательности байтов, по которому косвенно определяется кодировка файла. Это "невидимый" символ, который вставляют редакторы.
В общем, батники сохраняйте в кодировке cp866 (OEM) и тогда таких проблем не будет возникать.

Но не совсем понял куда нужно прописать путь, чтобы он клал файлы не туда откуда вызвался батник, а относительно него по пути »

не совсем понятно про какой сценарий речь, здесь ведь весь топик в сценариях.