[megaloman]

можно получить первую строку, перейти по этому пути, удалить эту строку, и запустить exe файл. »

Буквально следую Вашим пожеланиям

Код:

@Echo Off
	Set "List=Z:\Box_In\list.txt"
	
	:Begin
		FOR %%f IN ("%List%") DO If %%~zf==0 Exit /B
		FOR /F "usebackq delims=" %%i IN ("%List%") DO (
			Set "Exe=%%i"
			Pushd "%%~dpi"
			>"%List%.tmp" More +1 "%List%"
			>nul Move /Y "%List%.tmp" "%List%"
			GoTo :Cont
		)
		:Cont
		%Exe%
		Popd
		pause
rem	GoTo :Begin
Exit /B

Если надо чтобы батник запускал программы сам пока есть строки в list.txt, уберите rem
Если в путях файлов возможны пробелы и нет ключей, необходимо вместо %Exe% написать "%Exe%", либо в файле list.txt путь указывать в кавычках.