[Busla]

дампы занимают около 200MB, путем сравнения я ищу нужный мне кусок в обоих »

визуально?!
Иначе не очень понятен смысл двиганья. Опишите подробнее: что вы делаете и для чего?
Может вам проще два hex-просмотрщика рядом открыть - независимо найдёте по шаблону начало своего фрагмента, а дальше двигайте как пожелаете.

это не реально, дампы занимают около 200MB, »

"нужный кусок", наверное, имеет какие-то формальные признаки - не проще ли его извлекать из обоих файлов и работать уже только с необходимыми вам данными, а не с оригинальными огромными дампами?