[paranoya]

Начать стоит отсюда: Understanding Active Directory Site Topology
Многие вопросы сразу отпадут. Но, сайты - это просто разделение одного домена на несколько подсетей, разнесённых территориально. То есть, юзеров с одинаковыми логинами не бывант, так-же как и нескольких компьютеров с одним именем. Все манипуляции с AD проходят в соответствующих оснастках управления AD. Между сайтами, если всё сделать правильно отношения будут проходить нормально - будет синхронизация данных.