[James Marsh]

2 свича, между ними я сделали агрегацию 1,2 порта подключил к другому и настроил по инструкции »

Поток сознания.... Агрегировали для чего? Отказоустойчивости или повышения производительности?

1. каким образом можно связывать в один VLAN , скажем 5 компов с первого и 3 компов со второго свича? ведь для этого надо что то общее, где будет видны все порты обеих свичей? »

Надо. Это штука называется vlan id. На обоих коммутаторах надо описать влан в котором ваши компы, далее в этот влан надо назначить порты.

2. Если у нас over 2 этажей знание, серверный находится на первом, то как остальные этажи соединять по правилам? »

Что бы не запутаться - лучше звездой, но можно и каскадами. Все зависит от места, времени, возможностей.
Кстати если длина линка менее 100 метров то оптику можно и не бросать, и использовать витую пару.

Я просто все прямыми UTP проводами тяну в серверную. »

Это в принципе правильно.

если растояние больше 100м, то что? »

Тогда берется обьем помещения, где длина линка более 100 метров, где-то вешается коммутационный ящик, кидается плечо из оптики, разваривается и используют либо sfp-модули в коммутаторы, либо медиаконвертеры. ИМХО второй метод предпочтительнее, бо иногда сфпишка под какой-то свитч стоит скотских денех... Ну а из шкафа уже тянутся кабеля куда надо. Только шкаф надо взять такой, что бы туда влезло нужное количество коммутаторов, патч-панелей и ИБП.

D-LINK SMART (точный модель не помню, но если надо, пойду серверную узнаю) »

Сходите, гляньте. Может Вас жуткая боль по итогу ожидает

Читать: http://xgu.ru/wiki/VLAN и https://habr.com/ru/post/319080/ имхо доходчиво описано