[mwz]

всегда замечаются папки (множество папок) с именем из комбинации цифр, например 50, 78,99,25 и тп. »

Нет никакого смысла анализировать названия папок и файлов в этих папках — за редкими исключениями когда, например, надо посмотреть какие-то из логов, находящихся в этой папке. Их можно грохать все, но только после завершения загрузки, особенно при установке обновлений — и до начала работы. Причём даже на этом этапе некоторые файлы из этой папки могут использоваться системой — и тогда она их удалить не даст.