[YuS_2]

Не может переименовать [1.txt] в [2.txt] потому что он существует. »

Ну, так в Вашем алгоритме и нет никаких условий на такую ситуацию

Можно сделать, чтоб без лишних запросов, удалить 2.txt и переименовать 1.txt в 2.txt, автоматом нужно? »

Можно, конечно, но попытайтесь это сделать самостоятельно, это несложно.
Подсказка:
Редактировать надо вот этот условный блок:

Код:

if not exist "%file2%" (ren "%file1%" "%file2%") else (
	echo.Файл [%file2%] уже существует. Требуется принятие решения. Выходим.
	pause&exit /b
)

надо заменить проверку на существование файла с ложного, на истинный и добавить перед переименованием команду удаления файла...
Либо, вместо добавления команды удаления, можно просто заменить команду переименования на команду перемещения - move с ключом /y, а условный блок вообще убрать, оставить только одну команду move
В помощь:

Код:

if /?
move /?
del /?
ren /?
pause /?
exit ?