[Vladyas]

Однако вижу, что все еще подключено два диска. »

Вы наверно судите по скрину с disk list. Второй диск был физически отключен. Как видно из процесса установки системы диск только один. (IMG_20190206_100203.jpg) Скрин с disk list был сделан на 10 мин позже, это видно по названию (в нём время)

Чтобы в PE работал DISM, нужно создавать свой диск с .NET. Но проблема тут вряд ли в imagex. »

Да, я понимаю, что проблема скорее всего не в imagex (bootrec /fixboot - выдаёт 'отказано в доступе') , но мне нужно писание всего процесса клонирования от Микрософт, раз с вашим вариантом не получается.

Да, придётся создавать диск с .NET но выбор то какой? Либо рыться в интернете и пытаться решить проблему с bootrec, либо пройти по рекомендованному microsoft пути.