[Elven]

работает как при запуске без параметров, потому что параметров как бы и нет, они в кавычках не воспринимаются.
весь вывод загнать в переменную не получится, разве что одну строку из вывода.

Код:

for /F "delims=" %%i in ('c:\Temp\smartmontools-6.6-1.win32-setup\bin\smartctl.exe -a /dev/sda') do set report=%%i
echo %report%

но в приведенном примере туда попадет только одна строка (последняя), ибо переменная report при каждой итерации будет перезаписываться. Если нужно гонять именно весь вывод, а не какую-то конкретную строку, то можно использовать перенаправление вывода в файл, и парсить уже его, например.

Код:

c:\Temp\smartmontools-6.6-1.win32-setup\bin\smartctl.exe -a /dev/sda >>d:\smart.log

или выдергивать нужные строки прямо сразу из вывода, и если нужно совать в переменную

Код:

for /F "delims=" %%i in ('c:\Temp\smartmontools-6.6-1.win32-setup\bin\smartctl.exe -a /dev/sda ^| findstr UDMA_CRC_Error_Count') do set report=%%i
echo %report%