[Amunrah]

По-моему все это можно несколько проще записать...

Код:

@echo off
 
set "src=source_dir"
set "dest=destination_dir"

if not exist "%dest%\." md "%dest%"

for /f "delims=" %%f in ('dir "%src%\*.*" /b /s /a:-d') do (
	for /f "tokens=1,2,3 delims=. " %%a in ("%%~tf") do (
		xcopy "%%f" "%dest%\%%c\%%b\%%a\" /ifchy>>"%dest%\log.txt"
	)
)