Amunrah, в CMD это сделать невозможно (имхо). Вот VBS
Код:

FileIn = "Z:\Box_In\Большой txt файл.txt"
harm = "!""№@#$^&*\|/?:%<~>`"
useful = " "
Set FSO = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
Set fIn = FSO.OpenTextFile(FileIn, 1, False) ', -2)
Alls = fIn.ReadAll
fIn.Close
For i = 1 To Len(harm)
Alls = Replace(Alls, Mid(harm, i, 1), useful)
Next
Set fIn = FSO.CreateTextFile(FileIn, True)
fIn.Write Alls
fIn.Close
Здесь нежелательные символы заменяются пробелами