[Евгений888]

и поэтому решил, что умнее разработчиков Mikrotik и удалил правила по умолчанию? »

Почему вы решили, что я удалил правила по умолчанию?

и сейчас он является частью ботнета, поэтому и тормозит »

Как проверить?
В скриптах и шедуллер ничего нет

Со скоростью я разобрался - сейчас это не проблема. То есть скорость упала по объективным причинам, которые вряд ли связаны со взломом. Меня смущает, что после перезагрузки пропали часть настроек. Как будто, как раз, что то вернулось к дефолту, а что-то сохранилось.
То есть если я не очень четко описал, то ситуация такая. После перезагрузки, я смог подключиться по vpn и настройки vpn,dhcp,dns работали.
А вот правила firewall отсутствовали, при этом nat не работал, но часть правил там было (которые я добавлял)
В скриптах и шедуллер ничего нет.