[megaloman]

Anufriev, Неужели это я писал? Задача решалась применительно к конкретной ситуации (это я свою совесть успокаиваю). Боюсь, возможны косяки, если есть пустые строки и всякие спецсимволы.

что бы он обрабатывал несколько файлов? »

- не понимаю, что за файлы и где, как имена задаются.
Если тупо и не думать, организуем процедуру и в неё будем передавать имена файлов

Код:

@Echo Off
	SetLocal EnableExtensions EnableDelayedExpansion
	Call :LastDel "100001.txt" 
	Call :LastDel "D:\тра ля ля\1200001.txt" 
	Call :LastDel "\\Server\Share\ogogo.ini" 
GoTo :Eof

:LastDel
	Set "File=%~1"
	Set "String='"
	FOR /F "usebackq delims=" %%i in (`Type "%File%"`) Do If !String!==' (Set "String=%%i"&Del "%File%" 2>Nul) Else (Echo !String!>>"%File%"&Set "String=%%i")
GoTo :Eof

Не тестировал.
Если это все файлы по какой-то маске в определённой папке, возможно организация For c тем же вызовом процедуры - уточните задачу, если надо. Опять же, работая с текстом в CMD, можно хорошо вляпаться.