[megaloman]

Если не использовать SetLocal EnableDelayedExpansion для связывания времени выполнения

Код:

set FTMP=%%G.tmp
echo regedit 4 >%%G.tmp
echo HKU\%%G\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer  >>%%G.tmp

он создаёт один батник с именем (исходный)-1.бат, и с подставлением S-1-5-18. »

Ваш код в принципе нерабочий. Моё исправление не сработает тоже.
Вы в цикле получили строки типа HKEY_USERS\S-1-5-19.
Файл с именем HKEY_USERS\S-1-5-19.tmp создать нельзя, даже если переменная !FTMP! будет правильно раскрываться, если в текущей папке отсутствует подпапка HKEY_USERS
В Вашем случае Вы определили FTMP=%~n0-1.bat до цикла. В цикле переменная не раскрывается с новым значением (для отладки поставьте Echo %FTMP% - увидите (исходный)-1.bat). То есть, в цикле Вы пересоздаёте один и тот же (исходный)-1.bat файл.
После цикла предсказуемо получите содержимое для последней строки.

он создаёт один батник с именем (исходный)-1.бат, и с подставлением S-1-5-18. »

Не понятно, с каким именем Вы хотите получить выходные файлы. Зачем пытаетесь сделать какие-то tmp