[Iska]

3daniel2, вариантов несколько.

Первый и самый простой — если приложение поддерживает параметр командной строки, который позволяет запускать его в свёрнутом виде. Тогда достаточно найти место, откуда осуществляется автозагрузка и добавить в то место указанный параметр.

Второй вариант — создать ярлык на приложение, задать в его настройках «Окно: Свёрнутое в значок», проверить, будет ли сие работать и, если будет — использовать в автозагрузке вместо оригинала.

Третий вариант — писать скрипт на AutoIt/AutoHotKey, который будет запускать приложение, ожидать появления его основного окна, затем минимизировать/сворачивать его в значок.