[Anton04]

pay666,

Рекомендации.

1. Обновиться до windows server 2012 R2 x64.
2. Установить SSD под БД 1С.
3. Перевести БД 1С на SQL.
4. Добавить оперативной памяти на сервер (если п. 3 будет выполнен).

А теперь порассуждаем...

1С достаточна капризная система (особенно это касается версии 8.3), капризность заключается в нескольких моментах, это и рекомендации переносить БД в SQL если она превышает 2 гига и сами конфигурации написанные под платформу 8.3 тормознутые (по сравнению с 8.2) и т.п.
Исходя из вышеизложенного у Вас может быть комплекс проблем, все они диагностируются разными средствами. О визуального до конфигуратора 1С (тестирование и исправление вместе со сжатие БД ещё никто не отменял), так же не забывает о регламентных заданиях в 1С которые есть в каждой БД.

P.S. В общем наводку дал, дерзайте.