[YuS_2]

Как я уже говорил »

Для того, чтобы скрипт работал правильно, необходимо: правильно прописывать пути к запускаемым им программам (в данном случае run.bat), либо он должен находиться в одном каталоге с ними (тогда путь указывать необязательно, только наименование).
В общем, если кратко: поместите ярлык, скрипт hide.vbs и пакетник run.bat в один каталог. Предварительно проверьте работу пакетника, он должен работать самостоятельно, а после всех проверок и наладки, запускайте в скрытом режиме.

Ваши скрипты только сильнее лагают. »

Я бы сказал так: чаще лагают руки их применяющие.
Описывайте подробнее и главное - точнее, условия задачи и тогда получите конфетку, а иначе на выходе будет всегда полуфабрикат, который придется допиливать самостоятельно... и это не претензия, если что, а просто констатация, причем касающаяся не только персонально Вас... это достаточно частое явление.