[Petya V4sechkin]

Однако после включения UAC не получается даже в Панель управления зайти

На ветку HKEY_CURRENT_USER\Control Panel проверьте.

И здесь:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\SystemCertificates

А тут:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Policies
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies
учётная запись имеет разрешение только на чтение (чтобы пользователь не менял политики).

Во многих местах особые, не наследуемые разрешения.

Придётся, видимо, принудительно включать наследование.

Сюда тоже добавить своего пользователя? Там вроде нет "неизвестного", но есть группа "Администраторы" с полными правами.

Добавьте.

А как нужно правильно делать в случае поломки/замены ЖД, чтобы без таких артефактов остаться?

Можно в ForensiT поставить флажок Show Unassigned Profiles и привязать старый профиль к новой учётной записи.