Almest, в
wbadmin.msc вы видите не теневые копии, а Backup - резервные копии (архивы) или образы системы. Ну а поскольку эти образы инкрементальные, каждому из них соответствует своя теневая копия.
Если хочется помучить командную строку, почитайте о команде
wbadmin.exe (не путать с wbadmin.msc), например:
Код:

wbadmin delete systemstatebackup -keepVersions:5
(удалит старые архивы, оставит только 5 последних).
P.S. Если использовать команду vssadmin delete shadows для удаления теневых копий, то останутся ссылки на них в каталоге архивации (и сведения обновятся только после следующей архивации).