[megaloman]

Код:

@Echo Off
cls

Set "BoxIn=Z:\Box_In"
Set "Maska=*.fb2"
Set "BoxArc=Z:\Box_Arc"

Set "Arc="C:\Program Files\WinRAR\WinRAR.exe" a -ep -ibck -afzip -df"

FOR /F "usebackq delims=" %%f IN (`2^>nul Dir "%BoxIn%\%Maska%" /b /s /a:-d`) DO (
	Echo %%f
	%Arc% "%BoxArc%\%%~nxf.zip" "%%f"
)
Pause

Не очень понял, что Вам надо.
Скрипт просматривает указанную папку с подпапками Dir
Ищет файлы по указанной маске /b /s /a:-d
Архивирует в фоновом режиме -ibck каждый файл отдельно в zip в указанную папку -afzip
В архиве путь файла исключается -ep
Исходные файлы удаляются -df
При совпадении имён файлов заархивированным останется один из них.