[Ж.Д.А.Л.К.Е.Р.]

anatolii1978, partnew (hd0,3) 0x00 /Boot/Linux.iso - команда записывает в 4-ю позицию MBR (место 4-го основного или расширенного раздела) номер начального сектора /Boot/Linux.iso и количество занимаемых секторов. Данная информация в MBR интерпретируется Linux-ом как еще один раздел в котором доступно содержимое образа. Итого, загрузка начинается с виртуального привода 0xff, потом ОС переходит в защищенный режим процессора и мапинг привода отваливается, система видит что файлы дистрибутива больше недоступны и начинает искать их по всем существующим устройствам/разделам, где и находит гибридный раздел и продолжается загрузка ОС.
Windows такой гибридный раздел не понимает и не отображает.

Для дефрагментации образов на флешке/USB-HDD можно использовать любой дефрагментатор, который полностью выполнит данную операцию, например - WinContig, Defraggler.