[Amin]

Вообще-то теоретически считается, что чем короче реестр, тем быстрее работает система

И не только теоретически. Реестр любого маздая постоянно висит в памяти, а память лишней не бывает. Запусти regmon от SysInternals и прицени, сколько десятков раз в секунду винда оттуда что-то считывает. А теперь прикинь - где быстрее найдешь запрошенный ключ - в реестре на 2.5 метра или на 15 метров ?
А когда таких запросов немеряно ? Кстати, это на голой системе, без запущенных программ. На 98..
Как ХРень и 2000 насилует реестр, даже представить страшно. А самый эффективный чистильщик реестра - format.com - помогает от всех бед. После таких кривых прог, как FineReader , ПроМТ или лингво только им и спасаюсь. К случайным троянам (было один раз) также относится.
Восстанавливать с помощью Norton Ghost 2003. Пока что еще никто чужой не выжил.